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la Révolution de 1809, Engeström alla habiter Stockholm en qualité de ministre des Affaires étrangéres, Agardh l'y accompagna, et grâce à ses relations avec un personnage aussi éminent, il eut bientôt accès dans les cercles scientifiques et littéraires de la capitale. Parmi ses fréquentations d'alors, un de ses biographes cite spécialement le docte Adlerbeth, le poète Leopold, le sculpteur Sergel, le botaniste Olof Swartz et enfin Berzelius, et rien ne permet de douter de l'exactitude de ce renseignement. Il semble pourtant que les relations entre Agardh et Berzelius ne fussent pas encore empreintes d'un grand degré de cordialité. Agardh dut retourner bientôt à Lund, où, en 1812, il fut nommé professeur de botanique et d'èconomie pratique, et Berzelius partit presque en même temps pour l'Angleterre. Aussi remarque-t-on que les lettres les plus anciennes de la collection (de 1819 jusque vers 1825) sont écrites d'un ton assez raide et plutôt cérémonieux.

Cependant leur collaboration dans la grande Commission de l'enseignement nommée par le Gouvernement en 1825 ne tarda pas à les rapprocher. Is appartenaient au même camp, en tant qu'ils s'efforçaient tous deux de faire donner aux connaissances pratiques et aux sciences naturelles une place plus importante dans l'éducation générale, même si l'on ne devait y parvenir qu'en réduisant l'étude des langues anciennes. On doit aussi tenir pour certain qu' Agardh appuyait de son mieux les efforts énergiques mais vains que faisait Berzelius pour faire accorder à l'institut Carolin de médecine et de chirurgie de Stockholm une situation à peu près égale à celle dont jouissaient les facultés de médecine des universités. Cette confraternité d'armes dans la lutte contre la majorité conservative de la Commission fut l'origine d'une grande amitié qui les lia pour la vie et qui, dans une occasion du moins, se révéla assez solide pour résister à de fortes pressions.