Choret har sju höga, omkring 2 alnar breda, spetsbågiga, med delvis förstörda klöfverblad eller rosetter i ogiverna, och fordom två-delade fönster, med skråa platter och smygar både in- och utvändigt. Öfver hvarje fönster böjer sig en smakfull listbåge, som sänker sig mellen fönstren och slutar med en fin konsol. Fönstren sitta vid pass 6 alnar från marken, utom det westligaste på norra sidan, hvilket har måst sättas högre för den derunder fordom varande, nu alldeles förstörda Sakristian. Denna har en, sedan tillmurad, dörröppning inåt choret , hvilken under en rak spetsbåge visar en vacker, spetsbågig, ndinglistad och fördjupad portal med en upphöjd, synnerligen mjukt skuren rosett i ogiv-fältet öfver dörren. Snedt emot denna port är i södra chor-muren ett spetsbågigt, med listverk omfattade Sedile (prest-säte), 4 alnar 5 tum högt och nära 3 alnar bredt. På samma mur längre mot öster ett fyrkantigt (1 aln 20 tum högt, 19 tum djupt) Altarskåp för de heliga kärlen, omgifvet af en framspringande, med listverk sirad stenkarm. Af Högaltaret finnes intet qvar: det har, bland annat, innehållit reliker af S:t Maria Magdalena, hvilka der år 1412 vid kyrkans nya invigning åter nedlades. Alla golfstenarne äro i förra tider borttagna. Af chor-hvalfvet är nästan intet qvar. — Med detta sitt nya chor blef kyrkan d. 25 Sept., söndagen före Michaëli, år 1412 ånyo invigd af Albertus, Biskop i Schopia och Erkebiskopens i Riga Johannes' vikarie, med bifall och samtycke af Knut »med Guds nåde» Biskop i Linköping, såsom det heter i kloster-annalerna.
Den ordning, eller rättare oordning, i hvilken kyrkans vackra Pelare stå, bevisar — liksom så, mycket annat i denna och andra Medeltids-kyrkor — den Gotiska konstens subjektiva frihet och oberoende af den i Antikens byggnadsverk så väsendtliga symmetrien. Att med och trots denna, i det helas behagfulla anordning liksom fördolda regellöshet ändå kunna åstadkomma något verkligt vackert, det är Gotikens hemlighet. Och hvad nu S:t Catharina angår — hvem skulle väl vid första anblicken af hennes inre kunna ana, att pelarne på ingendera sidan stå i parallela linier; icke heller är på någondera sidan pelarnes afstånd från hvarandra lika, utan vexar från 7½ till öfver 11 alnar. De mycket enkla och (med undantag af några knoppar på en pelares bas) och endast list-beprydda och för öfrigt siratlösa kapitelerna och baserna äro knappt parvis lika. — De tolf pelarne tero till kapitalarna 21 alnar höga, åttkantiga (med 20 tum i hvar sida), 2 alnar 13 tum i genomskärning, samt alla synnerligen bastant bygda af i hvarje lager endast 2:ne mot hvarandra, än i öster och wester och än i norr och söder, liggande halfvor, af omkring 20 tums tjocklek. Det sjette, westligaste pelarparet är till en del inbygdt uti de, i sednare tid (slutet af 1500-talet) uppförda murar som bära det nuvarande trä-tornet, hvilket sålunda oskickligt och förmätet har inkräktat en del af mellanskeppet och förminskat dess sköna perspektiv. — Hvalfkuporna i både mellan- och sido-skepp hafva längesedan störtat; men ännu höja sig mellan pelarne fina, spetsbågiga djupt listade hufvudbågar, mellan hvilkas stenar dagen mångenstädes synes, men den ena stenen binder den andra, och de smärta i höjden sväfvande bågarna bibehålla så med dristigt behag ett sammanhang, som hvarje ögonblick tyckes vara i fara att upplösas. Det fina skelettet af dessa spetsbågar, emot den blåa himmelen och mellan de af träd och buskar smyckade mellanmurarna, göra ett oförgätligt intryck, och mångengång, när solen eller månen midt igenom det medlersta chorfönstret inkastar sitt ljus, afteckna sig på vestra fondmuren af dessa bågar skugglinier, den ena under den andra, och kyrkan, som då tyckes vara dubbelt så lång, blir för det drömmande ögat dubbelt skönare.
Såväl mot norra som södra sidoskeppets östra mur torde mindre altaren hafva stått, att dämma efter spår af sedilia och altarskåp i murarna. I »Annalerna» omtalas ett »Alla Helgons Altare» , der skeppsredaren Heghewald af Ner (Närs-hamn) i sitt testamente för sig och hustru betingar sig själamässor. Dessa sido-altaren äro, liksom kyrkans öfriga tillbehör af orgelverk, chorbänkar, dopfunt m. m., längesedan förstörda. Alla grafstenarna i golfvet, likasom å kyrkogården, äro likaledes borta. En fin gräsmatta, öfver hvars grönska de gråa pelarna och murarna resa sig, betäcker nu de fordna grafvarna och de förmodade underjordiska hvalfven. Hvad dessa sednare angår, är säkert att åtminstone i kyrkans östra del finnes en hvalf-våning, af hvilken för vid pass 20 år sedan i södra sidoskeppet syntes ett (sedan tillkastadt) hvalf, från hvars norra sida en smal, rundbågig port, belägen ungefär midt emellan chorhörnet och den närmaste (med ett inhugget stensnidare-märke, en hammare, utmärkta) pelaren, ledt in under mellanskeppet, och till hvilket hvalf i södra muren synes tvenne sneda nedgångar. Dolda hvalf och hemliga gångar höra just dessa kyrkor till, och folksägner förtälja ännu, att alla Visby-kyrkorna haft aflägsna underjordiska utgångar, genom hvilka i farans stund tempelskatterna skulle kunna räddas. Catharina-ruinen, så märklig och skön ofvan jord, skall kanske, när nämnda hvalf blifva uppgräfda, erbjuda nya märkvärdigheter: en underjordisk våning med hemlighetsfulla gångar och dystra katakomber.
I norra sidoskeppet finnas numera qvar blott 2:ne af de 7 högspetsiga hufvudbågarne (den ena inmurad i den vestra väggen); de öfriga hafva, liksom alla hvalfkuporna, längesedan störtat till följe deraf att den norra, på osäker grund uppförda sidomuren gifvit sig ut (upptill nära ½ aln). I detta sidoskepp, längst i vester, har kyrkans förnämsta port funnits: den är dock tillmurad och till en del bortskymd af en väldig kontrefort, som troligen
