Darius hade undkommit ännu en gång. Alexander, som lät honom fly, skyndade i stället att sätta sig i besittning af hans hufvudstäder och de oerhörda skatter dessa inneslöto. Sedan Babylon, Susa och Persepolis blifvit intagne, hade Alexander ingenting mer att göra i den sydliga delen af riket, utan begynte åter följa Darius i spåren. Han tågade emot Ekbatana och anlände till denna stad åtta dagar efter sedan Darius lemnat den. Derstädes afskedade han de Greker, som ville återvända till sitt fädernesland; utom sin sold och en del af bytet erhöllo de 2,000 talenter till skänks af Alexander. Efter ytterligare elfva dagars marsch fick Alexander veta, att Bessos, satrapen öfver Baktrien, hade fängslat Darius och släpade honom med sig på flykten. Efter tre dagars och tre nätters rastlöst förföljande påträffade Alexander ej långt ifrån Hekatompylos Darius, men såsom lik. Då Bessos ej längre kunde förmå konungen att följa sig, hade han genomborrat honom. Alexander lät gifva sin olycklige fiende en kunglig begrafning.
Bessos beredde sig på att göra motstånd uti Sogdiana och Baktrien, hvarest han antagit konunganamn. Alexander, som beslöt att ej lemna honom någon lång tid på sig, intågade genom passen öfver Paropamisos uti Baktrien, lemnande bakom sig flere efter honom uppkallade städer, af hvilka Herat och Kandahar ännu äro blomstrande. I detta bergiga land påträffade han tappre och kraftfulle män. Krigshären hade stora svårigheter att bekämpa: Bessos hade förvandlat landet till en ödemark. Emellertid intogs såväl Baktra som »det ointagliga» Aornos, floden Oxos öfvergicks och Spitamenes utlemnade Bessos, hvilken först piskades inför hela hären, sedan stympades och öfverlemnades åt Darius’ slägtingars grymma hämnd.
Efter Baktrien lades Sogdiana under oket, och segraren besatte dess hufvudstad Marakanda. Han stannade ej der, utan fortsatte sin väg ända till Iaxartes, hvilken han öfvergick, och slog Skytherna på andra sidan. Vid stranden af denna flod lade han grunden till ett nytt Alexandria, den nordligaste punkten för hans eröfringar. Tre år dröjde Alexander qvar i de nordliga och östliga trakterna af det persiska riket för att kunna befästa sitt välde bland den krigiska befolkningen derstädes. Han stärkte äfven sina förbindelser med Perserna genom att i Baktrien (327) äkta Roxane, en utomordentligt skön qvinna, dotter till en persisk storman.
Alexander lemnade bakom sig i dessa trakter stora, men äfven rysliga minnen. Uti öknarne vid Oxos hade man sett honom, efter en lång marsch till fots i spetsen för sina trupper, färdig att digna af törst, vägra att förtära litet vatten, som en af hans följeslagare hade
