Februari 1563 skref konungen till slottslofven i Stockholm Anders Sigfridsson (Rålamb) att utreda skeppen i Stockholm med fetalie, tackel, tåg, folk och ammunition m. m., så att de kunde utlöpa vid första öppet vatten.[1]
Under Johan III:s regering inträffade häruti ändring derigenom, att han strax efter sitt tillträde till riksstyrelsen tillsatte en ständig amiral, "öfversteamiral", som skulle under konungen hafva högsta uppsigten öfver flottan. Den ständiga och detaljerade omsorgen om flottan öfverflyttades härigenom från konungen, som derefter vanligen stälde till öfversteamiralen eller underamiralen sina bref med befallningar om åtgärder rörande flottan. Undantag härifrån gjordes dock; år 1572 t.ex. anmodades ståthållarne på Stockholms slott att bestyra det 8 à 9 örlogsskepp uppsattes, på stapel i Sverige eller Finland, der lägligt kunde vara;[2] och om 1580 års utredning af skeppsflottan i Finland erhöll ståthållaren på Stockholms slott Klas Åkesson befallning.[3] Någon fasthet och stadga i formerna inträdde ej förr än riksamiralsembetet inrättades och man kan säga att ända dittills var det regentens egen drift och oförtrutenhet, som förnämligast uppehöll flottan, men när detta fattades, råkade hon i förfall.
Amiral kallades en hvar, som erhöll befäl öfver några skepp eller en flotta; dock blott för sjötåget. Sveriges första ständiga eller fasta amiral är Klas Eriksson Fleming, hvilken kallades för och äfven ansågs vara amiral under sin verk samhet i land. Knappt hade hertig Johan undanträngt sin äldre broder från thronen, förr än han den 12 Oktober 1568 gaf riksrådet och förre skeppshöfvidsmannen på Elefanten Klas Fleming befallning att afgå till Vaxholm och taga trohetsed af det dit anlända, från Narvas farvatten hemkomna, skeppsfolket samt derefter hemförlofva detsamma.[1] Derefter synes Johan hafva betraktat Fleming som ständig amiral, ty redan uti sin instruktion den 4 Mars 1569 för Fleming och Gustaf Banér, ang. deras beskickning till hertig Karl, kallar han Fleming för "Vår amiral".[1] Johan III:s registratur öfverflödar på befallningar till Fleming om flottans förbyggning och utrustande, så i Sverige, men särdeles i Finland, der Fleming till större delen vistades. Under denne konungs
