riksamiralen: "Oss förundrar Axel Ryning, hvi I ären så försumlig och icke löpe ut i Elfsnabben med skeppsflottan eller låte Oss veta, hvad Eder felar, lika som Vi vore bläck och papper icke värda. Och efter Vi se, att det är intet allvar med Eder och I något akte Eder till sjös, derför må I så gerna blifva hemma, efter Vi se, att I hafven ingen lust till att tjena Edert fädernesland. Ty den hund man skall köra till skogs, han tager inga djur. Den tid Vi voro i Stockholm, voro skeppen alla redo; nu hafven I sedan i åtta veckor seglat mellan Stockholm och Vaxholm; om det är mot Oss och riket väl handladt, det gifve Vi Eder sjelf att betänka. Och gitte Vi nu intet mera skrifva, efter Vi se, att Våra befallningar blifva hos Eder intet aktade".[1] Konungen måtte likväl åter blidkats, ty åtta dagar derefter gaf han Ryning en vidlyftig instruktion för sjötåget, hvari icke något förebrående ord förekommer.
Är 1605 var Ryning med flottan på Rigas farvatten. Då han låg utanför denna stad, erhöll han den 18 Sept. befallning att gå med krigsfolket till Pernau och sedan bege sig till Reval såsom ståthållare under Kils Bjelkes sjukdom.[1] Der stannade riksamiralen qvar och synes icke haft någon befattning med flottan förrän år 1608. Under tiden sköttes flottans ärenden af konungen med biträde af underamiralerna och holmamiralen.
Åren 1608 och 1609 bestred Ryning sitt riksamiralsembete, men upphörde dermed, sedan Göran Gyllenstjerna 1610 blifvit öfversteamiral. I April 1611 hade visserligen Ryning bestyr med flottans utredning i Stockholm, men han var då ståthållare derstädes. Derifrån flyttades han den 7 Maj till Nyköping, såsom ståthållare öfver hertig Karl Filips furstendöme.[1] Senare på året blef han riksmarsk.
Göran Nilsson Gyllenstjerna till Fogelvik, friherre till Lundholm, blef år 1601 vid 26 års ålder hofjunkare hos hertig Karl, året derpå riksråd och förordnad till amiral för en proviantflotta till Reval samt fortfor sedan att tjenstgöra vid flottan. Den 17 Juni 1610 blef han förordnad att vara "riksens öfverste amiral", i hvilken egenskap han skulle hafva omvårdnad om skeppsflottan med allt hvad dertill hörde; alla underamiraler, kaptener, skeppsbyggmästare, skeppare, styrmän och alla andra på flottan och vid Skeppsholmen skulle